Bolognese, ha iniziato gli studi presso il Conservatorio "G.B. Martini" di Bologna, diplomandosi poi in flauto al Conservatorio "Cherubini" di Firenze.
A 18 anni ha vinto il Concorso nazionale per primo flauto presso l'Orchestra Sinfonica di Milano della RAI (ricoprendo poi questo ruolo per un decennio) e a 20 anni gli è stata assegnata una cattedra al Conservatorio di Bologna (dove insegna tuttora).
Dopo un decennio vissuto in orchestra, si è dedicato esclusivamente all'attività solistica tenendo concerti per le maggiori istituzioni musicali italiane tra le quali il Teatro alla Scala, l'Accademia di S. Cecilia, il Teatro Comunale di Bologna, il Festival dei Due Mondi di Spoleto, la RAI.
All'estero ha raggiunto presto le sale più prestigiose: la Carnegie Hall di New York, la Herkulessaal di Monaco, il Gewandhaus di Lipsia, il Coliseum di Buenos Aires; ha inoltre effettuato importanti tournée in Paesi come Giappone, Stati Uniti, Canada, Brasile, Argentina, Cile, Germania, Russia, Australia, Belgio, Spagna, Irlanda, Finlandia, Grecia, Lussemburgo.
Zagnoni è considerato dalla critica uno dei flautisti più importanti della sua generazione: Giulio Confalonieri e Duilio Courir lo definiscono "flauto magico da Bologna", Franco Abbiati "Re Mida del flauto", Lorenzo Arruga "flautista di gran razza" e Mario Pasi afferma "quel flauto incanta".
Ha ricevuto innumerevoli premi di grande prestigio, e in occasione del Bicentenario degli Stati Uniti ha tenuto un concerto alla Casa Bianca.
Già fondatore del Bologna Festival, direttore artistico di Musicalmente Bologna e del Festival sirmionese, coordinatore di un progetto di formazione orchestrale, attualmente è responsabile del corso di formazione superiore per professori d'orchestra Mythos della Fondazione "A. Toscanini" di Parma e direttore artistico del festival Da Bach a Bartók di Imola.
È stato inoltre nominato Presidente della Fondazione Accademia Verdi Toscanini.
Ha ricevuto riconoscimenti quali il Premio decennale di Benemerito alla Cultura, conferito dal Consiglio dei Ministri, il Premio per il Bicentenario del Tricolore "Bandiera d'Italia". Per ben quattro volte ha ricevuto il Premio Internazionale "I Numeri Uno" tenuto a Firenze, Perugia, Roma, L'Aquila; quindi il Diapason d'Oro, il Premio Nettuno d'Oro (assegnato dai Lyons Club di Bologna) il Premio Quadrivio a Rovigo, il Premio Pentagramma ad Abano Terme, il Premio Taormina. In occasione del concerto tenuto al Vittoriano a Roma gli è stato conferito il Premio alla Carriera sotto l'Alto Patrocinio della Presidenza della Repubblica. Insieme al Maestro Sergiu Celibidache, gli è stata inoltre assegnata la medaglia commemorativa Arcangelo Corelli, ed è stato nominato per chiara fama Accademico della "Regia Accademia Filarmonica".
Nel 2003 ha ricevuto dal Presidente Ciampi l'onoreficenza di Grande Ufficiale Ordine al Merito della Repubblica Italiana.
Ha effettuato incisioni discografiche con le etichette CBS, RCA, PDU, EMI, Fonit Cetra.
